De immer vindingrijke, jonge meestercrimineel Artemis Fowl weet een supercomputer te bouwen met behulp van gestolen elfentechnologie, de zogenaamde Zie-Kubus, die alle aardse computers overbodig maakt. Artemis staat zichzelf een laatste illegaal avontuur toe, en gaat in zee met de Amerikaanse zakenman, met wie hij de computer wil ruilen voor goud zijn favoriete substantie. De ontmoeting loopt niet bepaald volgens plan: Spiro gaat er met de Zie-Kubus vandoor en verwondt Artemis bodyguard Butler. Om de in levensgevaar verkerende Butler te redden, ziet Artemis zich gedwongen de hulp in te roepen van zijn oude rivaal Holly Short.
Op miraculeuze wijze redt Holly het leven van Butler, maar er is een probleem: Butler is opeens vijftien jaar ouder geworden. Daarom wordt Butlers zusje Juliet gerekruteerd als tijdelijke bodyguard, en reizen ze samen af naar Chicago om de Zie-Kubus terug te krijgen en om definitief af te rekenen met Spiro.